Obama, con un abrigo negro, y su esposa, Michelle, vestida con un abrigo morado, comparecieron con gesto solemne en el jardín de la Casa Blanca para cumplir con el momento de duelo a las 11.00 horas locales (16.00 GMT).
Junto a ellos, se encontraban altos funcionarios y personal de la Casa Blanca.
La ceremonia comenzó con tres toques de campana, tras lo que el presidente, su esposa y el resto de los presentes bajaron la cabeza y cerraron los ojos durante casi un minuto.
Al término de la ceremonia, abrazados, el presidente y su esposa regresaron a la residencia presidencial, sin hacer declaración alguna, mientras los funcionarios volvieron a sus despachos.
El momento de silencio fue seguido también en el Capitolio y otros lugares en todo el país.
Giffords se encuentra en la unidad de cuidados intensivos en el hospital universitario de Tucson tras una intervención de dos horas el sábado para reparar el daño dejado por una herida de bala en la cabeza.
Seis personas, entre ellas una niña y un juez federal, murieron en el tiroteo ocurrido en esa ciudad del estado de Arizona contra la congresista demócrata durante la celebración de un acto con votantes.
El acusado del incidentecompareció ayer ante un juez para una vista preliminar, en la que se le presentarán formalmente los cargos.
